Al amparo de la Enmienda Platt, que el gobierno estadounidense obligó a firmar para reconocer la independencia de Cuba tras intervenir en 1898 en la guerra contra España ya prácticamente ganada por el Ejército Libertador, tropas yanquis invadieron la Isla por segunda vez el 29 de septiembre de 1906.
El 20 de mayo de 1906, asumía la presidencia de Cuba para un segundo período, Tomás Estrada Palma, tras unas fraudulentas elecciones. El partido de oposición, los Liberales, ante tantas irregularidades y corrupción, no habían participado en los comicios y se produjeron alzamientos pese a las gestiones de Bartolomé Masó, ante los alzados, y Emilio Bacardí, ante los tabacaleros en huelga, quienes querían evitar una nueva intervención estadounidense.
Estrada Palma pidió al Presidente de Estados Unidos el 12 de septiembre de 1906 otra intervención militar en Cuba y, pocos días después, el 19 de septiembre, una flota superior en naves y hombres a la enviada contra España en la guerra de 1898 ingresó a La Habana en virtud de lo establecido en la Enmienda Platt, que establecía en su artículo tercero que “concedía a Estados Unidos el derecho de intervenir militarmente en la Isla cuando peligraran, a su juicio, la vida, la propiedad o las libertades individuales”.
Tras ocupar de nuevo militarmente el país hace 118 años, el 29 de septiembre el Secretario de Guerra de Estados Unidos, William H. Taft, asumió el cargo de gobernador provisional de Cuba, suspendió las funciones del Congreso y se arrogó las facultades legislativas; disolvió las fuerzas insurrectas y las milicias creadas por el traidor Estrada Palma, nombró un supervisor y varios asesores estadounidenses en la Guardia Rural y dio paso a Charles Edward Magoon quien ocuparía la gobernación del país del 13 de octubre de 1906 al 28 de enero de 1909.
La administración de Magoon, describe el historiador cubano Julio Le Riverend, se caracterizó "por la corrupción administrativa y el despilfarro de los fondos públicos, satisfizo las ambiciones de los políticos deshonestos y burgueses nativos en general, desarrollando ampliamente “la botella” (recibir un sueldo por una plaza sin trabajar), sistema que perfeccionarían los politiqueros cubanos en los años siguientes.
Magoon, abogado y diplomático estadounidense fue antes gobernador en la zona del Canal de Panamá. Recibió el Tesoro cubano con unos 20 millones de pesos de reserva y lo dejó con deudas ascendentes a 11 millones. A la Iglesia Católica, le entregó casi dos millones de pesos como indemnización de bienes confiscados por el gobierno colonial español durante el siglo XIX, lo cual era absurdo pues Cuba independiente no tenía que asumir una deuda que España había indemnizado con creces a la Iglesia y a la cual Leonardo Wood le había entregado otra gruesa suma.
La segunda intervención estadounidense en Cuba sentó las bases de la corrupción desenfrenada, que sería desde entonces uno de los más graves males de la República Neocolonial. Otra característica negativa de este período, fue la violenta represión de los cuerpos armados contra los obreros que reclamaban demandas como implantar la jornada de ocho horas, salarios justos, seguridad en el empleo, y trato adecuado.
La única acción proletaria que se desenvolvió normalmente fue la llamada «huelga de la moneda», en demanda de que se pagaran los salarios en moneda estadounidense porque la española estaba devaluada. El gobierno interventor se mostró receptivo porque lo que interesaba a Magoon era generalizar el uso de la moneda estadounidense para contribuir al afianzamiento del control de Estados Unidos sobre la economía cubana.
La ocupación norteamericana finalizó el 28 de enero de 1909, fecha en que el nuevo presidente electo, José Miguel Gómez, tomó posesión de su cargo tras derrotar en los comicios al candidato conservador, representante de la oligarquía nacional, Mario García Menocal. En su proclama final, en nombre del presidente de los Estados Unidos, Magoon declaraba entonces que todos los decretos de su administración, todas las deudas y obligaciones contraídas durante esta, tenían que ser reconocidos y satisfechos por la República cubana. Igualmente, que todos los contratos adjudicados eran inviolables.
Después de su cargo de gobernador-interventor en Cuba, Magoon se retiró del servicio público y vacacionó durante un año en Europa antes de regresar a los Estados Unidos.
Años después se produjeron dos nuevas amenazas de intervención militar de Estados Unidos en Cuba, una en 1812 en el gobierno de Gómez durante una breve "guerra racial" encabezada por el Partido Independiente de Color conformado por negros y mestizos, y la otra en 1917, durante la reelección fraudulenta del general García Menocal que provocó el estallido de una brevísima guerra civil conocida como la "Guerrita de la Chambelona".
Con el triunfo de la Revolución Cubana el 1 de enero de 1959 quedaron sepultadas para siempre las amenazas de intervenciones “legales” de Estados Unidos en Cuba, lo cual comprobó su primera gran derrota en América con el fracaso de su invasión mercenaria por Playa Girón.