Bayamo ha estado marcado siempre por el símbolo de la rebeldía, desde las rebeliones indias y de esclavos hasta el inicio de la guerra de independencia de Cuba, y por la decisión de sus moradores de reducirla a cenizas, un 12 de enero de 1869, antes que cayera en poder del ocupante colonialista español.
Debido a la presión de las tropas españolas que amenazaban con apoderarse de la ciudad, sus habitantes prefirieron quemarla antes de verla esclava, incendiándola hace 154 años, hecho que demuestra el amor de los pobladores de esa ciudad por su Bayamo, al extremo de preferir perder sus hogares y pertenencias antes de que cayeran en manos del Ejército Colonial.
Fue en Bayamo en el Siglo XIX donde se fraguó e inició el 10 de octubre de 1868 la guerra por la independencia de Cuba, con el protagonismo de figuras como Carlos Manuel de Céspedes, Francisco Vicente Aguilera, Perucho Figueredo y muchos otros patriotas.
Así Bayamo fue la primera capital de la República en Armas, como se le declaró el 20 de octubre de ese mismo año, el mismo día en que se cantó por primera vez en público el himno de Perucho Figueredo. Ese día Céspedes enarboló la bandera cubana en el ingenio azucarero La Demajagua; las patriotas Eulalia y Candelaria Figueredo Vázquez, hijas de Perucho Figueredo, cosieron un pabellón en el ingenio azucarero Las Magas y después Candelaria lo paseó por la ciudad, recibiendo por ello el título de Abanderada de Bayamo.
Una vez liberada Bayamo por el naciente Ejército Mambí, Carlos Manuel de Céspedes pidió a la joven Felicia Marcé Castellano confeccionar otra bandera, con el propósito de ser utilizada en la ceremonia de la bendición del pabellón patria en la Iglesia Parroquial, el 8 de noviembre de 1868.
Durante tres meses Bayamo fue el centro de la Revolución, por lo que el Gobierno español envió varias columnas españolas para reconquistarla. El 19 de octubre se libraron combates en el arroyo Babatuaba y luego en el puente del río Hicotea, contra el batallón de San Quintín, que mandaba el coronel Juan López del Campillo; y el 25 de octubre se peleó en Pino de Baire contra el batallón hispano que dirigía el coronel Demetrio Quirós Weyler. En esas dos acciones bélicas los patriotas salieron vencedores.
De nuevo el Gobierno español organizó una fuerte agrupación contra Bayamo, la que llegó a Las Tunas el 1 de enero de 1869, procedente del puerto de Nuevitas, en Camagüey. La poderosa división colonialista la mandaba el general Blas de Villate, conde de Valmaseda. El 7 de enero ya avanzaba sobre Bayamo a través de la cuenca del río Salado, a unos 30 kilómetros al oeste de Bayamo salieron a su encuentro las fuerzas del general mambí Donato Mármol y sucesivamente se libraron los combates de El Saladillo, La Caridad, Cauto del Paso y Cauto Embarcadero.
Después de cinco días de violentos enfrentamientos, la división española logró cruzar el río Cauto por el pequeño poblado de Cauto Embarcadero, defendido por sólo unos 100 hombres, a cargo del general Modesto Díaz.
Tras el Incendio de Bayamo, sólo ruinas encontraron los españoles al entrar a la ciudad. Mucho tiempo pasó antes de que se reconstruyera y cuando se hizo, a finales del Siglo XIX y principios del Siglo XX, se emplearon los códigos arquitectónicos que se imponían entonces, dejando a un lado los toques coloniales y sepultando los restos incinerados de la ciudad. Por eso no existe en Bayamo esa arquitectura colonial que muchos visitantes esperan ver. No obstante, sí quedan vestigios en la actual catedral y otros inmuebles
El Bayamo siempre rebelde hizo gala de su tradición en la guerra de liberación contra la dictadura de Fulgencio Batista, y el 26 de julio de 1953 el líder revolucionario Fidel Castro ordenó los ataques de los cuarteles militares de Santiago de Cuba y de Bayamo, los dos más significativos de la región oriental.
Iniciaba así la última guerra de liberación nacional y posteriormente muchos de los hijos de Bayamo ascendieron a la Sierra Maestra, continuando la tradición de quienes lideraron en el siglo XIX el primer estallido nacional independentista.