El 13 de octubre de 1960 fue dictada la ley de Nacionalización de la Banca nacional y extranjera por el Gobierno Revolucionario cubano, y como culminación de ese proceso inicial asume el comandante Ernesto Che Guevara el 26 de noviembre de ese año como primer presidente revolucionario del Banco Nacional de Cuba (BNC).
Anteriormente, el Banco Central de Cuba había sido creado mediante Ley el 23 de diciembre de 1948, con autonomía orgánica, personalidad jurídica independiente, patrimonio propio e inició sus funciones en 1950. Su fundador y primer presidente fue el economista Felipe Pazos Roque, quien, en 1952, tras el golpe de Estado de Fulgencio Batista, renunció a esa responsabilidad. A partir de ese momento, el Banco Nacional de Cuba (BNC) se convirtió en el instrumento de la política financiera de la dictadura en el poder.
En 1959, después del triunfo de la Revolución Cubana, Felipe Pazos fue reintegrado a su responsabilidad al frente del Banco Nacional de Cuba, y el 26 de noviembre de 1960 fue sustituido por el comandante Ernesto (Che) Guevara, quien suscribió su nombramiento con su seudónimo de lucha: Che, el mismo que utilizó para firmar las primeras emisiones de billetes de la Revolución. El Che estuvo un año y dos meses al frente del Banco y en esa etapa se completó la nacionalización de toda la banca nacional y extranjera.
En febrero de 1961, la Ley No. 930 reestructuró el Banco Nacional de Cuba en correspondencia con las medidas económicas ejecutadas por la Revolución, y con posterioridad se sucedieron otras transformaciones estructurales y funcionales y se centralizaron en el BNC, paralelamente, las funciones de banca central y toda la actividad de banca comercial existente entonces en el país. Entre los presidentes del BNC de más fecunda obra y extensa trayectoria en el período revolucionario se destacaron Raúl León Torras y Héctor Rodríguez Llompart.
En 1997, por el Decreto-Ley No. 172, se creó el Banco Central de Cuba (BCC), heredero directo de las funciones del BNC en el sistema bancario cubano. Los objetivos fundamentales del Banco Central consisten en emitir la moneda nacional y velar por su estabilidad, proponer e implementar la política monetaria del país, y actuar como órgano rector del sistema bancario y financiero. Está facultado para dirigir, en nombre y en representación del Estado y del Banco Nacional de Cuba, todas las negociaciones sobre la deuda externa del país. Su presidente fundador, Francisco Soberón Valdés, estuvo en funciones hasta junio de 2009, cuando fue nombrado para el cargo Ernesto Medina Villaveirán.
En 1998, como parte del proceso de reestructuración del sistema financiero, se promulgó el Decreto-Ley No. 181, que estipula que el BNC es liberado de las funciones de banca central y de rector del sistema bancario. Se mantiene como banco comercial, y tiene como función financiera esencial el registro, control, servicio y atención de la deuda externa que el Estado y el mismo BNC hayan contraído ante acreedores extranjeros con la garantía del Estado.
La creación del Banco Central de Cuba en 1997 significó una reestructuración del sistema financiero y bancario del país. Se constituyó como autoridad rectora, reguladora y supervisora de las instituciones financieras. El sistema financiero cubano, supeditado al BCC, se conformó en nueve bancos comerciales siendo uno de ellos el Banco Nacional de Cuba, y trece instituciones financieras no bancarias. En la actualidad la Ministra Presidente del Banco Central de Cuba es Juana Lilia Delgado Portal.