La Dirección de Capacitación e Investigación desarrolla el Programa de Capacitación e Investigación de la Contraloría General de la República de Cuba destinado a las unidades organizativas, auditores integrantes del Sistema Nacional de Auditoría y las administraciones.
Propicia la constante superación y la investigación en temas vinculados a la auditoría, el control y la supervisión, entre otros de actualidad para el desarrollo de conocimientos y habilidades. Promueve las actividades de los Centros de Capacitación Regionales (Occidente,Centro,Oriente) y el Departamento de Documentación e Información (que incluye el centro de documentación y el archivo central).